Есть ли лучший способ сделать это?
Да: удалите их из Lightroom, что удалит их из каталога Lightroom и даст вам возможность удалить из файловой системы.
Чтобы это исправить, вы можете просто зайти в Lightroom и найти файлы, которые вы удалили и удалить. Вы будете предупреждены, что файл не может быть найден, и можете просто продолжить.