Достаточно ли у вас оперативной памяти? Чрезмерная замена может привести к нехватке ресурсов для самого жесткого диска. Проверьте ваш процессор, ОЗУ и использование файла подкачки с течением времени и, пожалуйста, опубликуйте результаты в комментарии.
Кроме того, если ваш жесткий диск сильно фрагментирован, это может вызвать замедление работы. У вас должно быть 30% свободного жесткого диска, и вы должны регулярно дефрагментировать - возможно, в этом причина.
(А замена и фрагментация жесткого диска - теперь это серьезное замедление ...)