Вы можете собрать кадры в фильм или анимированный GIF с помощью ffmpeg. Это обычное явление для временных интервалов. Если ваш интервал постоянен, а имена файлов последовательны, следуйте любому руководству по интервальной съемке ffpmeg.
Центрирование сложно. Я должен был сделать это с одним светлым пятном под микроскопом и написал скрипт на Python, чтобы сделать это при постобработке (постоянный фокус, но меняющийся в течение нескольких часов). Коллеги использовали labview для создания микроскопа на более сложном изображении. Возможно, вы сможете рассчитать центр тяжести вашей светлой области и сместить его, как я сделал в меньшем масштабе. Вы можете заглянуть в OpenCV, но, скорее всего, будете писать код.
Сборка изображений в анимацию сравнительно проста. Если интервал известен, но не является постоянным, у вас будет сложная работа с сценариями, использующая дублированные кадры для дополнения результатов до постоянной частоты кадров.
Если вы хотите интерполировать между кадрами (и я бы с осторожностью делал это с моими данными), функция "morph" в ImageMagick может помочь.