Отключите вспышку в настройках камеры. Он по-прежнему использует вспомогательный луч АФ, но не сработает со вспышкой.
Настройка зависит от камеры, например:
EOS 5D:
Меню> Пользовательские функции> 07
EOS 5D MK II:
Меню> Инструменты 3> Управление внешней вспышкой> Настройки функции вспышки> Срабатывание вспышки
EOS 550D / Rebel T2i / Kiss X4:
Меню> Камера 1> Управление вспышкой> Срабатывание вспышки
(это также работает для встроенной вспышки)