Нет реального способа «установить» Magic Lantern (ML) на камеру. Он всегда остается на карте памяти, которая используется для загрузки камеры в ML, когда она включена. Вставьте карту без ML, и эта камера не может быть загружена с ML, она будет использовать прошивку Canon уже в камере.
Пока версия ML на вашей карте памяти совместима с версией прошивки, установленной в камере, проблем не должно быть.