если я использую автофокусировку, он регулирует фокусировку объектива или в теле есть дополнительная линза, которая настраивается?
Нет, вторичной линзы нет. Объектив, прикрепленный к камере, содержит двигатель, который перемещает элементы объектива в соответствии с требованиями системы автофокуса.
То же самое с настройками диафрагмы, это меняется на прикрепленном объективе, или внутри другой объектив?
Тот же ответ - камера говорит объективу изменить диафрагму; это не то, что можно отрегулировать в корпусе камеры.
Если он меняет прикрепленный объектив, как подключить 2. Я не вижу никакой очевидной связи, кроме механизма, удерживающего его на месте.
Если вы снимите объектив, вы обнаружите ряд маленьких золотых контактов на корпусе и соответствующий набор на объективе. Когда объектив прикреплен, эти контакты соединяются и образуют электрические соединения, которые тело использует для управления объективом.
Вот фотография из Википедии. Это объектив Canon с креплением EF, но другие производители используют аналогичные системы.

Особенно на креплениях, которые по-прежнему поддерживают более старые объективы, также могут быть механические соединения, которые позволяют моторам в корпусе камеры регулировать мощность в объективе. F-mount от Nikon и A-mount от Sony - два ярких примера.