У вас была фиксированная белая точка? Вы использовали ручной контроль экспозиции с фиксированным ISO? Вы уверены, что весь рендеринг закончился после синхронизации? Если изображения действительно были сняты одинаково с одинаковыми настройками, то при синхронизации не должно быть значительных различий между изображениями, поэтому между ними должно быть что-то изменилось или что-то не так с тем, как вы пытаетесь синхронизировать в Lightroom.
Если вы можете опубликовать некоторые изображения, чтобы мы могли видеть то, что вы видите, это может помочь сделать ответ более конкретным. Прямо сейчас вы не дали много, чтобы продолжить.