Изучите Ruby, напишите скрипт для чтения файла Darktable SQLITE, выберите с помощью подходящих настроек файлы, которые вы отметили для удаления. С Ruby прочитайте файл path_to_image и затем используйте FileUtils.rm (path_to_image).
Вы можете даже настроить это как задание cron, которое будет выполняться так часто, как вам нужно. Это приведет к стиранию ваших файлов по мере необходимости, поэтому вам не нужно беспокоиться о каких-либо действиях.
Примечание. При тестировании копии из файлов резервных копий используйте копии только до тех пор, пока они не будут работать как требуется.