Это совершенно безопасно. Lightroom неразрушающий. Все подробности об изменениях хранятся в файлах lrproj. После того, как вы удалили нужные данные из файла lrproj, больше нет причин хранить старый lrproj или любой из кэшированных файлов, если вы сохраняете исходные файлы изображений, от которых зависит каталог. *
Чтобы избежать ошибок, я предлагаю переименовать файлы и папки, от которых, по вашему мнению, вы можете избавиться, и затем проверить их на наличие недостающих изображений в вашем новом проекте. Пока все работает правильно, вы знаете, что безопасно удалять файлы, которые вы переименовали.