Я нашел эту причуду на 5D IV.
В режиме Av, если для ISO установлено значение A, оно все равно позволяет изменять ISO с помощью аппаратных кнопок. Но затем, когда вы отпускаете затвор, он решает, какой ISO он хочет.
Откройте быстрое меню и убедитесь, что для ISO задано определенное значение, а не для автоматического.