Я не знаю, какую версию LR вы используете, но я знаю, что, если вы не будете очень осторожны, LR создаст новые (стандартные) папки импорта в иерархии папок на основе даты. Если вы невольно повторно импортируете те же изображения, LR продолжит создавать новые подпапки. Не забудьте установить флажок «Не импортировать подозрительные дубликаты» в качестве одного из параметров импорта.
Я использую LR 5.7 для окон, в которых одним из вариантов импорта является сохранение импортированных изображений в их исходной папке. Если у вас есть автоматически синхронизируемая облачная учетная запись, необходимо внимательно изучить параметры импорта и синхронизации. В LR 5.7 необходимо щелкнуть правой кнопкой мыши отдельные отсутствующие папки и выполнить поиск в предполагаемой отсутствующей главной папке. Однако, если другие отсутствующие папки находятся в той же главной папке, LR автоматически найдет их все на одном шаге.