Поскольку у вас D5300, ответ ясен - Darktable только что добавил поддержку этой камеры в версии 1.4.2 , после чего он был указан как «экспериментальный». Darktable 1.6 был выпущен месяц назад (декабрь 2014 года), поэтому обновление до него должно решить вашу проблему.
Если это , а не , я бы добавил ваш отзыв (и пример файла?) К этому запросу средства отслеживания проблем: Функция # 9764: Поддержка NEF Nikon D5300 - это возможно, в этой экспериментальной поддержке все еще есть некоторые изгибы, которые нужно решить.