Вы можете использовать ImageMagick с флагами auto-level или level.
convert input.jpg -auto-level output.jpg
convert input.jpg -level 1%,99% output.jpg
В Linux или Mac вы можете использовать управляющую структуру bash для выполнения операции над несколькими файлами изображений.
for f in *.jpg ; do
convert "$f" -level 1%,99% "${f%.jpg}-level.jpg"
done
Для Windows вы можете установить bash оболочку, например Cygwin или Windows Subsystem для Linux.
Любой, кто знает собственные команды cmd или PowerShell для Windows, не стесняется редактировать для добавления.