Проект darktable включает скрипт оболочки с именем purge_non_existing_images.sh, который удалит любую запись, указывающую на файл, который не существует.
Требуется среда, в которой будет запускаться POSIX-совместимый скрипт "sh"; в Windows это может потребовать установки такой оболочки ... в Linux сам сценарий может устанавливаться или не устанавливаться вместе с darktable в зависимости от того, как он был упакован. В некоторых дистрибутивах могут быть предусмотрены «darktable-tools» или аналогичный пакет для этой цели (в каталоге «tools» есть несколько других интересных вещей).