Последнее значительное улучшение PhotoMerge, о котором я знаю, было в CS4, поэтому CS6 вряд ли будет значительно лучше.
Есть много других инструментов для сшивания панорам, доступных для Mac, но я бы посоветовал вам попробовать Hugin , который является бесплатным и позволяет вручную добавлять контрольные точки (именно так программное обеспечение определяет, какие части различных изображения должны совпадать).
Если этого недостаточно, чтобы получить полезную панораму, я бы посоветовал вам использовать как можно больше техник, описанных в этом вопросе , а также увеличить количество совпадений есть, 50% не обязательно чрезмерно.