align_image_stack - это инструмент командной строки, доступный в разрабатываемой версии hugin для выравнивания перекрывающихся изображений для облегчения создания HDR, смешивания экспозиции, расширенной глубины резкости и стереоскопических изображений.
Он делает именно то, что вы ищете, просто берет кучу изображений, которые должны идеально перекрываться, и настраивает их на несколько пикселей / градусов, чтобы это произошло, не выполняя всю сложную панораму, которую Хугин делает отдельно.