См. эту ссылку от Adobe , которая описывает, как автоматически выравнивать слои.
В конце они говорят
«После автоматического выравнивания вы можете использовать Edit> Free Transform для точной настройки выравнивания»
Если вам действительно нужно выровнять изображения вручную, вот эффективный способ сделать это.
Предполагая, что ваши изображения загружены как слои, скрыть все слои, кроме двух. Один слой должен иметь нормальный режим. Установите другой слой в режим разницы. Теперь, если изображения идеально выровнены, все, что вы увидите, это чисто черное изображение. Если они не выровнены должным образом, вы увидите разницу между изображениями. Используйте клавиши курсора, чтобы сместить верхнее изображение до тех пор, пока у вас не станет чистый черный или пока вы не уменьшите видимое различие изображения.
Повторяйте по мере необходимости, пока все изображения не выровняются.