Да, Total Commander может это сделать. Я выложу пошаговые снимки экрана здесь. Для примера у меня есть 3 папки a, b и c.
A - рабочая папка, в которой находится подмножество.
B - это резервная копия всех файлов.
C - это место для удаленных файлов
Сначала введите обе папки в режиме разделения:

Тогда Команды-> Синхронизировать каталоги и «сравнить»:

Затем отмените выбор => = и! =, Чтобы отображались только те, которые переходят из резервной копии в A:

Нажмите Синхронизировать, и измените папку назначения на c:

И теперь у вас есть все файлы в двух наборах A и C:

Самое приятное то, что Total CMD полностью функционален бесплатно, но он настолько хорош и дешев, что за него хорошо платить.