Да, Total Commander может это сделать. Я выложу пошаговые снимки экрана здесь. Для примера у меня есть 3 папки a, b и c.
A - рабочая папка, в которой находится подмножество.
B - это резервная копия всех файлов.
C - это место для удаленных файлов
Сначала введите обе папки в режиме разделения:
![Step 1](https://i.stack.imgur.com/3ndOU.jpg)
Тогда Команды-> Синхронизировать каталоги и «сравнить»:
![Step 2](https://i.stack.imgur.com/7eQmZ.jpg)
Затем отмените выбор => = и! =, Чтобы отображались только те, которые переходят из резервной копии в A:
![Step 3](https://i.stack.imgur.com/k3bPV.jpg)
Нажмите Синхронизировать, и измените папку назначения на c:
![Step 4](https://i.stack.imgur.com/BYmm8.jpg)
И теперь у вас есть все файлы в двух наборах A и C:
![Step 5](https://i.stack.imgur.com/PkFj9.jpg)
Самое приятное то, что Total CMD полностью функционален бесплатно, но он настолько хорош и дешев, что за него хорошо платить.