Рассмотрите возможность использования ImageMagick или GraphicsMagick. Простой
mogrify -format png *.jpg
или, если вам нравятся расширения в верхнем регистре,
mogrify -format PNG *.JPG
преобразует все файлы JPG в каталоге (папке) в формат PNG одним махом.
Кстати, ожидайте, что ваши файлы PNG будут в 10 раз больше JPG, если они являются фотографиями.