Безразлично. В AF это предотвратит движение кольца фокусировки, но если кольцо каким-либо образом будет принудительным, это может привести к повреждению механизмов фокусировки или двигателя (если оно не поддерживает MF с полной занятостью). В MF вам не нужно беспокоиться о повреждении шестерен, но сам объектив теперь может ослабнуть и может вызвать дополнительный износ линзы в результате срабатывания.
Хотя оба случая вряд ли будут проблемой. Лично я оставляю свои объективы в режиме AF просто потому, что предпочитаю, чтобы они были заблокированы при хранении (или они полностью заняты, и это не имеет значения в любом случае).