Я попытался воспроизвести это на D5300 и AF-S 18-55 мм (не AF-P), все работает как положено.
Попробуйте сначала сделать заводские настройки на камере и проверьте, происходит ли это после. Объективы AF-P оптимизированы для непрерывной автофокусировки в режиме видео, возможно, это как-то связано с настройками видео.
Также обращайтесь напрямую в службу поддержки Nikon по конкретным вопросам, связанным с оборудованием, это их работа, чтобы помочь вам.