Для этого есть скрипт Gimp: ofn-layer-aligner .
В основном вы загружаете два изображения в виде слоев, устанавливаете две точки на контрольном слое (обычно это центр зрачков), две точки на настроенном слое (снова центр зрачков), и сценарий перемещается / поворачивается / масштабирует скорректированный слой, чтобы две точки на скорректированном слое перекрывали две точки на эталоне.
(*) Я признаю, что у всего есть крутая кривая обучения, если вы никогда не использовали Gimp. Но если вы начнете редактировать фотографии, Gimp очень способный и не будет стоить вам ни копейки. Существует также скрипт для слияния первого лица со вторым.