Было бы проще сравнить программу с приоритетом диафрагмы, потому что Авто игнорирует множество других настроек, наиболее важно - Компенсацию экспозиции и выбор схем замера. Игнорируемые настройки зависят от камеры, и у меня нет 60D для проверки.
Если бы вы изменили любую из этих настроек на вашей камере, у вас было бы большое расхождение. Другое дело, что вспышка работает по-разному в Авто на многих камерах. Это может обеспечить минимальную выдержку затвора, например 1/60 с, и вызвать срабатывание вспышки. В режиме A вспышка не срабатывает, если не установлен правильный режим вспышки и, следовательно, требуется более низкая скорость затвора.
Чтобы выяснить, что происходит в вашей настройке, сделайте то же сравнение между P и A. Если они совпадают, то вам нужно попробовать разные настройки, чтобы увидеть, какая из них игнорируется в автоматическом режиме.