Я провел дополнительное исследование и наконец понял это. С помощью Photo Stream фотографии автоматически загружаются в iPhoto, и вы можете просмотреть все фотографии Photo Stream, нажав на ссылку Photo Stream на боковой панели.
Думая, что фотографии в Photo Stream на самом деле были только в iCloud, я импортировал фотографии с iPhone и iPad в iPhoto, делая дубликаты всего. Когда я понял, что дублирую все, я подтвердил, что фотографии Photo Stream действительно были загружены на мой компьютер, я удалил дублированные импортированные изображения. Теперь у меня есть хороший аккуратный набор фотографий, который одинаков для всех устройств.