Я думаю, что ваша интуиция верна.
Когда объектив установлен и установлен на автофокусировку, поворот кольца фокусировки превращает все механизмы автофокусировки обратно в мотор внутри камеры, и назад - шестерни и прочее предназначены для обеспечения высокоскоростного вращения электрический двигатель - что-то более разумное для манипулирования объективом, а при перемещении этой установки назад применяется нагрузка, с которой он не был рассчитан. Вы можете почувствовать это - как вы говорите, кольцо фокусировки сложнее, когда включена автофокусировка. Так что не делайте этого, когда объектив установлен.
Я думаю, что такое же правило применяется, когда объектив не установлен. Если поворачивать кольцо фокусировки заметно сложнее при включенной автофокусировке, не делайте этого. В противном случае, не стесняйтесь.
Многие объективы (например, Nikkor AF-S) специально разработаны для того, чтобы позволить вам сделать это, поэтому, очевидно, это не проблема.