Это не должно иметь большого значения, потому что After Effects, вероятно, делает то же самое, что вы делали бы в пакетном преобразовании, в первую очередь, так же, как это происходит. Я не думаю, что у него есть возможность сделать это адаптивно, с разной обработкой RAW для каждого кадра.
Тем не менее, использование RAW, вероятно, позволяет избежать одной дополнительной рекомпрессии, но сжатие видео для timelapse будет намного сильнее в любом случае. Если вы выберете высококачественную настройку экспорта JPEG, я сомневаюсь, что вы сможете обнаружить разницу.