У вашего вопроса есть два аспекта, потому что «преобразование» из RAW в JPEG - это не простая вещь, это процесс интерпретации.
Итак, ваши результаты, вероятно, будут существенно отличаться. ImageMagick просто использует элементарное первичное преобразование из dcraw и не дает вам большого контроля над этим. Lightroom использует довольно сложный конвертер RAW от Adobe и дает большой контроль над вариантами конвертации.
Второй вопрос: означает ли «100% jpeg» одно и то же в обеих этих программах, и ответ «нет, это не так». Но на этом уровне я буду шокирован, если кто-нибудь сможет увидеть разницу визуально даже при очень тщательном осмотре. Размер файла может отличаться, но различий не будет.