Спонтанно, какая точка автофокусировки выбрана? Вы случайно не выбрали нижнюю точку автофокусировки?
Одна из кнопок, используемых для масштабирования во время предварительного просмотра (справа вверху - думаю, правая) в сочетании с «колесом затвора», позволит выбирать точку автофокусировки.
Если в видоискателе загорается одна точка автофокусировки, для фокусировки используется только эта точка. Я думаю, что все точки загораются, когда камера выбирает точку автофокусировки.
Вы также не сказали, какой режим съемки вы используете - я предполагаю, что это не «Авто» (он же зеленый), который на 400D отменяет режим AF, но на 5D MK II это не так.
(Если прокрутить этот обзор 5D MK II вниз, появится изображение задней части камеры: http://the -digital-picture.com / Обзоры / Canon-EOS-5D-Mark-II-DSLR- Digital-Camera-Review.aspx -> набор из трех кнопок, AF-On, -, + - это та, к которой я обращаюсь - вы хотите кнопку +)
В случае, если неясно, к каким кнопкам я обращаюсь - проверьте руководство вашей камеры, в котором есть раздел по ручному управлению точками автофокусировки.