Ответ заключается в том, чтобы автоматически сшивать как можно больше (ограничивая выбор изображениями, которые содержат достаточно четко определенные функции для создания контрольных точек), а затем самостоятельно заполнять пробелы, используя изображения воды и неба, просто упорядочивая изображения разумно и смешайте края вместе (вы стреляли с большим количеством совпадений, верно?).
Возможно, вы даже сможете использовать глубину резкости, чтобы судить о местонахождении снимков воды, это должно дать вам приблизительное вертикальное положение, вам нужно будет решить, куда они идут горизонтально.
Если это выглядит правильно, то не имеет значения, если изображения технически не в нужном месте.
Для простого неба я хотел бы просто заполнить область соответствующим градиентом. В прошлом, когда я собирал панорамы, я снимал небо как одно широкоугольное изображение и просто увеличивал частоту дискретизации и вставлял его в окончательную панораму, так как это предотвращало какие-либо странные полосы из-за смещения экспозиции при сшивании.