Как давний пользователь Autopano Giga, я могу подтвердить, что это действительно проблема. Не только с файлами RAW, но и с любым типом с широким динамическим диапазоном.
У вас есть некоторый контроль, и я думаю, что использование ползунка gamma может значительно улучшить ситуацию. Я обычно начинаю с этого только потому, что он уже есть в Autopano Giga. Когда это терпит неудачу, что более или менее часто, я делаю разработку в Lightroom, а затем объединяю полученные изображения. Как правило, нет необходимости иметь выход HDR для окончательной панорамы.