Не могу поверить, что никто еще не предложил это:
Просто используйте прямоугольную область, чтобы выбрать то, что вы хотите обрезать, и скопируйте его в буфер обмена. Затем удалите весь слой и вставьте то, что вы скопировали в новый слой.
Это особенно полезно, если слой, который вы обрезаете, больше, чем холст, и в этом случае метод обратного выбора грязный.