Вы можете использовать exiftool для удаления тега ориентации:
exiftool -Orientation= /target/dir/or/File
Замените /target/dir/or/File файлами и / или каталогами, которые вы хотите обработать. При запуске под Unix / Mac используйте одинарные кавычки, чтобы избежать интерпретации bash.
Чтобы запретить создание файлов резервных копий, добавьте -overwrite_original.
Чтобы перейти в подкаталоги, добавьте -r.