Вы должны сделать так, чтобы программа калибровки создала отдельный профиль для каждого монитора. В зависимости от того, как работает программа, вы либо выбираете монитор в программе, либо вам может потребоваться сделать другой монитор основным дисплеем, чтобы настроить профиль программы.
В Color Management на панели управления вы можете выбрать, какие профили связаны с каким монитором. Ваша утилита должна затем использовать его, чтобы определить, какой профиль использовать для каждого монитора.