У меня также нет специального макрообъектива, поэтому я также использую макрофильтры.
Мой опыт, как и мнение тысяч других, заключается в том, что, как правило, в макросъемке ручная фокусировка в любом случае является современным. Из-за близкого расстояния камеры до объекта глубина резкости становится крошечной, поэтому использование штатива обязательно. Часто, когда вы видите макро-фотографию с большой глубиной резкости, они обычно складываются. Это означает, что многие фотографии с разными плоскостями фокусировки сшиты вместе.
Вот хороший урок http://www.youtube.com/watch?v=F3Dz34MMjQ0 по этой технике.
Возвращаясь к вашему вопросу: при включенных макрофильтрах камерам сложно фокусироваться. Но , вы все равно должны предпочесть ручную фокусировку на крупных планах, поэтому не стоит расстраиваться. ; -)