Для работы с HDR я бы использовал raw, если это вообще возможно. Сжатие JPEG теряет информацию, такую как информация о цвете, из темных областей, что означает, что в вашем программном обеспечении HDR больше неточных данных для работы. Это также решает проблему баланса белого, потому что, если необработанные данные датчика действительно являются необработанными данными датчика, как это часто бывает, баланс белого вообще не регулируется.
И да, как вы сказали, я бы в первую очередь ограничивал время экспозиции и сохранял постоянные значения ISO и диафрагмы. Постоянная диафрагма для одной и той же сцены, только с разным количеством света, постоянная ISO, потому что высокие значения ISO скоро сводят на нет выгоду от более длительной экспозиции.