Файлы RAW отличаются, потому что датчики разные. Процессор ничего не делает с данными RAW, он просто читает их и упаковывает в формат RAW. Хотя встроенный предварительный просмотр JPEG рассчитывается этими процессорами по-разному, как и JPEG.
Теоретически, да, пиксели с определением фазы влияют на качество изображения, но эффект крайне мал и зависит от того, как они маскируются. Каждый пиксель обнаружения фазы очень похож на горячий или мертвый пиксель. В конце концов, он либо полностью маскируется из выходных данных, либо дает другой сигнал из-за микролинз, необходимых для определения фазы на датчике.