Да, более высокий DPI даст лучшие результаты, чем более низкий DPI. Фактические пигменты, которые демонстрирует фотография, очень малы (достаточно малы, чтобы они были маленькими точками при 500-кратном увеличении, если они фотографически проявлены). Кроме того, ваша выборка не будет точно соответствовать исходным точкам, поэтому передискретизация будет полезна, даже если вы сможете превысить эффективное разрешение исходного изображения.
Приложение не должно иметь значения, но то, что вы делаете в пост-продакшн, должно иметь значение. Одна из программ может лучше работать с использованием автоматических настроек, но это будет ситуативным, и лучше всего было бы попробовать несколько фотографий и посмотреть, что выглядит лучше для вас.
Что касается постпроизводственной работы (например, нерезких масок и удаления пыли и царапин), то она очень сильно зависит от сканируемого изображения. Вы должны будете использовать свое суждение о том, что выглядит лучше для вас. Если на изображениях есть повреждения, удаление пыли и царапин может привести к их автоматическому заживлению, а нерезкие маски могут сделать изображение более четким, но за счет мелких деталей.
Там действительно нет замены для проб и ошибок. Существует причина, по которой функции являются опциями, а не включаются или выключаются автоматически все время.