Большинство программ для редактирования фотографий (хотя обычно это не необработанные процессоры, такие как Lightroom) имеют возможность выбирать части изображения и выполнять операции с этим выбором, а большинство программ имеет возможность делать фотографии негативными.
Если вы хотите что-то в свободном доступе, я предлагаю GIMP . Photoshop и Photoshop Elements также сделают это, но они стоят денег.