Похоже, что panotools имеет Gimp плагин . Я не использовал его, но он есть.
Вне GIMP, но все еще бесплатно, вы можете попробовать пойти по другим дорогам.
Hugin - в основном предназначен для сшивания панорам, вы можете использовать его для выравнивания и масштабирования стека изображений для HDR или смешивания экспозиции или покадрового видео или ...
Registax - Это бесплатное программное обеспечение, предназначенное для астрофотографов, будет снимать несколько изображений (несколько отдельных или тысячи видеокадров), вращать, масштабировать и выравнивать их. Кроме того, он может (необязательно) использовать очень сложные методы для объединения изображений компонентов в конечное изображение.
HDR Alignment Tool - Еще одна возможность. Это выравнивание, вращение и масштабирование. Может стоит попробовать. Сравнение с автоматическим выравниванием Photomatix (в 2007 году, обратите внимание), похоже, поддерживает HDRAT.
DeShaker - Это еще один способ выравнивания небольших изображений (с разрешением до 1080p), это бесплатное программное обеспечение обеспечивает стабилизацию видео. Если бы вы объединили два изображения в двухкадровый фильм, это бы выровняло их. Вероятно, не то, что вы хотите, но это метод, который был использован для выравнивания неподвижных изображений.