Делая слои один за другим, большинство инструментов в Gimp могут сохранять свои настройки. Вы можете сохранить их явно, дав им имена, но они также сохраняются автоматически (см. Селектор Presets в верхней части инструментов «Кривые» или «Уровни»).
Таким образом, вы просто сделаете один слой, а затем повторно используете настройки для других.
Другой метод - загрузить их как плитки и создать один большой слой, внести изменения в этот слой, а затем снова разделить его на плитки (но я не знаю сценария, который делает это напрямую, однако есть сценарии это можно сделать после сохранения плиток в отдельных файлах).