Недостаток включения фильтра ND состоит в том, что любая используемая система фокусировки (датчик определения фазы, обнаружение контраста, ваш глаз) требует меньше света и, следовательно, меньше информации для работы.
Просмотр в реальном времени использует основной датчик и, таким образом, имеет преимущество в возможности использовать аппаратное усиление сигнала при низком уровне освещенности. Наступит момент, хотя уровень освещения будет слишком низким, и шум начнет влиять на результат автофокусировки. Похоже, вы не совсем там.
Когда дело доходит до АФ, доказательство всегда в пудинге - если вы фокусируетесь с включенным фильтром ND, и он никогда не пропускает, то у вас нет недостатка в фокусировке фильтра.